Когда с новой христианской науки сошла первая пена, многие последователи Лютера и Кальвина увидели, что, уничижая древние обычаи и святилища, не распространяли они в народе реформированного христианства, а делали из этого народа только языческую толпу перед покинутыми христианскими храмами. Ученые и наблюдательные нововерцы, такие как Радивил Черный, пришли к тому убеждению, что народ наш можно вывести на добрый путь лишь улучшением его нравственности посредством научных знаний. Радивил Черный первый из литво-русичей основал у себя типографию, и в 1563 году напечатал первый польский перевод Библии. Он первый начал заводить в своих городах и селах школы, а дом свой сделал подобием академии, составленной из ученых поляков, «Руснаков» и чужеземных выходцев. Князь Василий тем же порядком заводит у себя, в городе Остроге, школу, типографию, дает в своем доме пристанище греко-славянским библистам и печатает Библию церковнославянскую. «Оттого, что у нас нет наук, великое грубиянство в наших духовных умножилось», пишет он с голоса протестантов, и приближенные к нему люди, вместо того, чтобы поддерживать русское православие, каково бы оно ни было тогда в нашем обществе, поддерживают в мещанских муниципиях дух протестантский.
Мещанские муниципии появились у нас в Южной Руси под руководством немцев. Бытовой механизм этих мещанских республик выработался по общинному праву города Магдебурга. Но, до появления в Польше иезуитов, муниципальное немецкое право действовало в Малороссии вяло. Мало кто и обращался к нему в мещанских республиках. Оживила его и поставила на ноги протестантская проповедь, в борьбе с иезуитскою. Под влиянием германских воспитанников, польско-русских панов, мещанские братства или цехи, заговорили языком магдебургского самоуправления.
Братства и цехи существовали у нас издавна, как союзы ремесленников и купцов в роде немецких брудершафтов. Теперь смешались они с давнишними братствами церковными, и поставили церковные интересы свои под знамя веры. Церковные братства, заботившиеся прежде о поддержке храмов и вспоможении убогих людей по древнему христианскому преданию, вводили теперь у себя церковный самосуд и составляли себе права по образцу немецких муниципальных общин. Мало было уже для них церковного благолепия да милосердия к бедным: по примеру протестантов, они вмешиваются в дела своего духовенства и в управление самой иерархии. Были и прежде такие случаи, что мещане жаловались королю на своих архиереев за обдиранье попов и притесненье прихожан. Но в те времена они еще мало внимали немцам, которые беспрестанно переселялись в Польшу и в польскую Русь, угрожаемые террором со стороны латинского духовенства, и вносили в польско-русскую среду свой реформационный взгляд на пастырство человеческих душ. Теперь немецкий протестантский образ мыслей распространялся у нас во всех церковных братствах, которые ничем уже не отособлялись от ремесленных цехов и купеческих корпораций.
Насколько малорусская церковь походила своими верованиями и обрядами на римскую, настолько надобно было ждать в ней и реформы, постигшей римскую церковь везде в немецких землях и в самой Польше. Мещане перестали видеть в своем духовенстве руководителей в разумении Священного Писания, перестали веровать в благодать рукоположения и смело заявляли опеку церковного братства над рукоположенными.
Такая реформация понятий о церкви выразительнее всего проявилась в Львове, многолюднейшем городе после Вильны, столицы южнорусского протестантства. Под конец XVI столетия, восточные патриархи утратили уже у турок терпимость, которую относительно христиан ввел было среди них мудрый завоеватель Константинополя, Магомет II. Подкупаясь один под другого, верховные наши первосвященники сами учили мусульман увеличивать все больше и больше наложенную на христианские патриаршества дань. Начали турки теснить их в церковных имуществах и нередко обращали христианские храмы в магометанские мечети. Претерпевая такое поругание, восточные патриархи не могли держать себя так строго относительно подвластных им в церковном управлении народов, как держал себя первосвященник римский. Теснила их нужда; подкупались под них пройдохи; теряли они, в борьбе за свой сан, чувство архипастырского достоинства. Поэтому подписывали бывало подаваемые им от наших церковных братчиков грамоты, не зная даже, что в них написано. И вот, одною из таких покупных грамот предоставили они львовскому братству наблюдение за благочестием и порядком всей русской церкви в Польше, с тем что, если бы и епископ в чем-либо поступал недостойно, то братство должно было смотреть на него, как на врага истины и противиться его распоряжениям. В других патриарших грамотах говорилось прямо, что названное братство на вечные времена не обязано было подчиняться никакому духовенству, — ни митрополичьему, ни владычьему, ни иному духовному начальству, суду и благословению, кроме патриаршей константинопольской кафедры. За нарушение такой привилегии патриарх посылал нашим архиереям строгие выговоры, похожие на папские breve, и не обинуясь угрожал им отлучением от церкви.
Между тем протестанты так усердно заботились о наших братствах, что снабжали их школы собственными наставниками, а малорусские типографии учеными распорядителями. Отсюда произошло удивительное, но не замеченное нашею историографиею явление: что тогдашняя малорусская полемика выставляла на всенародное негодование имена вельможных панов, совратившихся в католичество, и совершенно игнорировала таких людей, как Радивилы, Ходкевичи, Вишневецкие, Дорогостайские, Немиричи, Пузины и т. д., которые пренебрегли верою православных предков своих и поделались лютеранами, кальвинистами, ариянами и другими нововерными сектантами. Протестанты прикрывались в этом деле «повагою» князя Василия и напечатали для нашего употребления столько неортодоксальных книг, что, спустя много лет по смерти престарелого Острожского, с одной стороны митрополит Петр Могила очищал православные церкви от книг, подготовлявших нас к новаторству, а с другой прозелиты римского католичества вырывали такие книги из рук у невежественных малорусских попов.