Ни православная, ни союзная с нею протестантская шляхта не смела тягаться с Кунцевичем за церковные имущества. Правда, земские послы вопияли на сеймах, что приходские церкви противившихся унии мещан стояли запечатанными; что изгнанные из приходов священники скитаются в нищенстве; что православное богослужение отправляется в шалашах; что и самые шалаши подвергаются разрушению от униатов; что городской народ, разлученный с приходскими священниками, собирается для общественной молитвы под открытым небом в поле; что православным мещанам запрещают рыть могилы рядом с могилами предков; что погребенных по православному, без униатского священника, выбрасывают из гробов; что многие, из-за гонений на православный обряд, остаются некрещенными, и вступают в брачное сожительство без церковного благословения. Но королевская партия отделывалась — то отсрочками, то обещаниями, то публикациею сеймовых постановлений, которые по-старому оставались мертвою буквою, а православная церковь между тем пустела и уничтожалась.
Полотск, древнерусский Полтеск, сделавшийся притоном иезуитов еще во времена Иоанна Грозного, сильно пропагандировал сочиненную иезуитами унию, и в Смоленске, уступленном Польше царем Михаилом, появились уже православные попы, готовые идти по следам отступника Кунцевича.
В этот критический момент малорусского православия, когда знаменитые слова Иоанна III о Киеве и других отчинах московских государей обращались в ничто, Москва была поддержана в своей церковно-государственной политике появлением среди царских советников двух важных деятелей. С Запада прибыл в столицу ростовский митрополит Филарет Никитич Романов, с Востока — иерусалимский патриарх Феофан.
Отец избранного на царство в 1612 году Михаила Романова в монашестве Филарет, сделался польским пленником в 1609 году вместе с братьями Шуйскими и другими знатными московскими людьми. Он был заключен в Мариенбургской крепости, и только по Деулинскому договору получил наконец свободу. Один из наших историков, повторяя письменные предания Смутного времени, выставляет в характере ростовского митрополита черты двуличности и изменчивости, которых отнюдь не замечает в «святопамятном» князе Василии. Но он забыл упомянуть, что в 1618 году, когда в Деулине шли переговоры с польскими уполномоченными, Филарет Никитич прислал из своего заточения наказ: чтобы для освобождения его из плена не уступали полякам ни одной пяди русской земли. На наш взгляд, один этот поступок достаточно говорит о нравственном темпераменте церковно-государственного подвижника. Филарет Романов, после девятилетнего плена, воспользовался переменою обстоятельств не так, как это сделал бы человек, способный к двуличности и изменчивости. Он помышлял не о собственном благоденствии, а о таких великих делах, как подъём на русском юге приниженной папистами православной церкви. Проведя столько времени среди иноверцев, он лучше прежнего знал, как поддержать падающее в земле Мономаха православие.
События церковной унии в Польше и Смутного времени в Московском царстве разобщили было Русский мир с восточными патриархами. Но лишь только Москва оправилась после своего Разорения, снова сделалась она упованием турецких славян и греков, а восточные патриархи опять стали помышлять о возобновлении с нею сношений. Общим собором избрали они иерусалимского патриарха Феофана для путешествия к «единому православному царю» и для устройства «обоих пределов» (Русской земли), как говорится об этом в современном московском сказании. Опасно было путешествие, как это мы видели на греке Никифоре, и трудно было выполнить задачу его. Но, по словам московского сказания, товарищи патриарха видели в Феофане «воеводу крепка и сильна, могуща тещи путь от Востока до Запада, ни оруженосцев, ни броней мужеских, но токмо едино слово Божие во устех имуща, могущее разорити тверди неодолеваемыя». Неодолеваемыми для Москвы твердями были, в данном случае, иезуитские происки, отделившие посредством унии одну русскую церковь от другой и устремившие южных Русичей, под польскими знаменами, на Русичей северных.
Первым делом Феофана было заместить московский патриарший престол, остававшийся праздным с 1612 года после Гермогена, о котором, как и о Филарете, тот же историк собрал в одно месиво современные россказни, но который явил себя героем-мучеником веры и народности в самый опасный для России момент её борьбы с Польшею. Никто не мог наследовать великодушному Гермогену достойнее того, кто, будучи царским отцом, готов был скорее умереть в заточении, нежели купить свободу уступкою врагам хотя бы одной пяди Русской земли. Воссев на патриаршем престоле, Филарет Романов сделался новым органом великой мысли русского воссоединения, которая проявилась уже во времена Иоанна III так выразительно, что не могла исчезнуть ни в эпоху безумия Грозного, ни в Смутное время, порожденное кознями Бориса Годунова с одной стороны и Римской Курии с другой.
Утраченные документы тогдашней деятельности Москвы по этому предмету, без сомнения, заключали в себе указания на способы, которыми была обновлена связь, державшая в совокупности всю древнюю Русь, разъединенную уделами. Уцелело только свидетельство, что малорусских казаков расспрашивали в Москве о работе римской политики. Для нас очевидно, откуда шли расспросы. Царствование Михаила Феодоровича имело характер теократический. Патриарший престол стоял тогда рядом с царским, и вопросы иностранной политики делались вопросами церкви. Начавшаяся в Западной Европе тридцатилетняя война не могла оставить без своего влияния Москву Романовых. Погром чехов на Белой Горе, публичные казни чешских борцов за веру, сожжение всех чешских книг и рукописей среди Праги, запечатание всех иноверческих церквей в годовщину сожжения Гуса и многочисленная эмиграция чешских утраквистов по фанатическим узаконениям Фердинанда II — должны были вдохновлять вернувшегося из польского плена Филарета на противодействие папскому главенству в Малороссии.